Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё и не всегда поддаётся разумному объяснению. В своих дискуссиях Малдер и Скалли не столько стараются убедить друг друга, сколько получают удовольствие от самого общения. Постепенно первоначальное взаимное недоверие перерастает в дружбу, а чуть позже и в более глубокое чувство.
Действия второго сезона Секретных Материалов разворачиваются после закрытия отдела «X Files», которое мы увидели в конце первого сезона. В дополнении к автономным сериям, несколько эпизодов включают в себя инопланетную мифологию. Ко всему, во втором сезоне, есть пару повторяющихся персонажей: Мистер Х и новый информатор Малдера.
Особенности третьего сезона заключаются в воде нескольких новых сюжетных линий. Коренной поворот в сериале играет заговор, который вот-вот будет разоблачён при вскрытие инопланетного трупа. Скалли пытается найти убийцу своей сестры. Оба агента пытаются разоблачить личность нового информатора мистера Х. В данном сезоне, впервые был введён инопланетный вирус в виде мазута. По мимо основной сюжетной линии, традиционно автономные серии.
